کویر زرین در فاصله 40 کیلومتری شمال کویر بافق (درانجیر) در استان یزد قرار گرفته است. این کویر در شمال غربی روستای ساغند و در جنوب روستای بیاضه قرار دارد. در قسمت شمالی این کویر ارتفاعات حاجی آباد زرین قرار گرفته که جهتی شمال شرقی - جنوب غربی دارند و قسمت جنوب غربی این کویر را گنبدها ی نمکی پوشانده است. کویر زرین از دو قسمت تشکیل شده است که توسط ارتفاعاتی که از میانه، کویر را قطع می کند به دو قسمت شمالی و جنوبی تقسیم شده است. در حاشیه شمالی کویر تپه های ماسه ای قرار دارند که جهتی شمالی - جنوبی دارند. در بخش شرقی کویر نیز این تپه ها مشاهده می شوند که در این قسمت جهتی شمال شرقی - جنوب غربی دارند.

سطح کویر جنوبی در حدود 280 کیلومتر مربع است که 45% آن را صفحات رسی و 55% آن را حوزه خیس (باتلاقی) در بر گرفته است.در قسمت جنوب و جنوب غربی کویر صفحات رسی گسترش دارند. کویر شمالی از امتداد حاشیه جنوب شرقی و جنوب غربی بوسیله صفحات پوشیده از تپه های ماسه ای محصور گردیده است.چنین بنظر میرسد که تپه های شنی این منطقه تثبیت شده باشند. بر روی صفحات پوشیده از تپه های ماسه ای جهات مختلفی بادی ملاحظه می گردد ولی بنظر میرسد که باد غالب در این منطقه جهتی به سمت شمال شرقی داشته باشد. آب زیرزمینی در این منطقه بالا بوده و وجود گیاهان فرآتیک نشاندهنده شوری کم خاک در این منطقه می باشد. کویر شمالی 300 کیلومتر مربع وسعت دارد و شکلی شبیه به مثلث دارد. 87% آنرا صفحات رسی (به خصوص در قسمت شرقی) پوشانده است و 13% آنرا حوزه خیس باتلاقی فرا گرفته است. رودخانه اصلی این کویر از سمت شرق کویر به کویر وارد شده که رودخانه ای فصلی می باشد.