تالاب گاوخونی در انتهایی ترین قسمت حوضه آبریز راینده رود واقع در زیر حوضه گاوخونی قراردارد. وسعت آن بالغ بر 3616 کلیومتر مربع که حدود 2871 کیلومتر آن در استان اصفهان و مابقی در استان یزد قرار گرفته است . زیر حوضه گاوخونی فقط دارای یک واحد هیدرولوژیک به نام واحد هیدرولوژیک گاوخونی می باشد که این واحد در مختصات (52،21،23 )تا ( " 53،21،34)طول شرقی و( " 31،50،18تا"33،43،50 ) عرض شمالی قرار گرفته که از شمال به واحد هیدرولوژیک کوهپایه- سگزی از شرق به حوضه کویر سیاه کوه، از جنوب به واحد اسفنداران – دستجرد و از غرب به واحد هیدرولوژیک جرقویه محدود می شود .اقلیم منطقه براساس تقسیمات اقلیمی سیلیانینف دارای اقلیم فرا خشک بوده و میانگین بارندگی آن در طی یک دوره 24 ساله بین 50 تا 100 میلیمتر و متوسط دمای سالانه 15 درجه سانتیگراد و میانگین تبخیر سالانه بالغ بر 2800 میلمتر گزازش گردیده است .در مرکز این واحد تالاب نسبتا" وسیع گاوخونی قرار دارد. این تالاب یکی از ارزشمند ترین اکوسیستم های تالابی کشور است که در تاریخ 23/6/1975میلادی با كد zir.18 در لیست تالابهای بین المللی کنوانسیون رامسر به ثبت رسیده است .
از 1220تالابی که از سوی کنوانسیون رامسر تا کنون مورد شناسایی واقع گردیده 22مورد آن مربوط به ایران می باشد که گاوخونی یکی از آنها است.
از نظر موقعیت جغرافیایی در 32درجه و 08 دقیقه تا 30 درجه و 30 دقیقه عرض شمالی و 52 درجه و 45 دقیقه تا 52 درجه و52 دقيقه طول شرقی و در فاصله 130 کیلومتری جنوب شرقی اصفهان قرار دارد . این تالاب در منتهی الیه رود خانه های زاینده رود ، زر چشمه و ایزد خواست قرار گرفته است که منبع اصلی تغذیه کننده آن رودخانه زاینده رود است که یکی از مهمترین رودخانه های فلات داخلی کشور است که حوضه آب خیز زاینده رود را زهکشی و به تالاب گاوخونی ختم می شود که طول مسیر رودخانه 405 کیلومترمی باشد و از دامنه های شرقی ارتفاعات زاگرس و کوههای مرتفع زرد کوه بختیاری سرچشمه می گیرد و اختلاف ارتفاع تالاب نسبت به سرآب ( زرد کوه بختیاری ) 2747 متر می باشد و وسعت کل حوضه آب خیز زاینده رود 41371 کیلومتر مربع است که /9/90% آن در استان اصفهان و مابقی در استانهای چهار محال و بختیاری و یزد و فارس قرار گرفته است (2)
و به تدریج که وارد جلگه اصفهان می گردد از شیب آن کاسته و پس از مشروب نمودن اراضی مستعد و دشت های کشاورزی از شهرهای اژیه و ورزنه عبور نموده و وارد تالاب گاوخونی می شود. محیط پیرامون تالاب با ویژگی های خاص و متفاوت جغرافیایی همراه است .بخش های شمالی و شمال غربی آن مصب قرار گرفته که آخرین حد جریان آب شیرین رودخانه است ، مصب رودخانه انباشته از جلبک های سبز بوده و حرکت آب در این ناحیه کند است . ابتدا ي آن را نیزارها و گزستان انبوه فرا گرفته است . در کنار و اطراف مصب برکه ها آبگیرهای زیاد جود دارد که به دلیل شور بودن نسبی اراضی آب شور شده و در طول تابستان تبخیر می شود . در حاشیه جنوبی تالاب نمکزار وسیعی وجود دارد که در اثر تبخیر زیاد آب و باقی ماندن و انباشته شدن کریستالهای نمک بوجود آمده . نمک این بخش استخراج شده و مورد بهره برداری قرار می گیرد . در غرب و جنوب غربی منطقه تپه های ماسه ای بادی قرار دارد که خود اکوسیستمی متفاوت با تالاب و مصب آن را بوجود آورده اند .این تپه ها در اثر وزش بادهای کویری شکل گرفته اند و عاری از پوشش گیاهی طبیعی و خاصی هستند که از نظر زیبایی شناسی جایگاه ویژه ای برا ی خود دارند و شکل گیری آنها بر حسب تعییرات جهت وزش باد متفاوت است ونهایتا" بخش شرقی تالاب را دشتی تپه ماهوری محاط در کوهستانهای بلند و در طول محور اصفهان – نایین احاطه کرده است . کوه سیاه در منتهی الیه شمال غربی این دشت و در کناز مصب تالاب گاوخونی قرار گرفته است . رویش این تپه ماهور ها و دشت ها را گیاهان خشکی پسند استپی از انواع متعدد و متنوع درمنه دشتی ، اشنان، جارو سفید ،خارشتر ، انواع شورها ، ارمک ، گز ،قیچ ،پرند ، سبد و افدرا فرا گرفته است . «« بازگشت»»

ویژگی های تالاب گاوخونی:
ارتفاع تالاب از سطح دریا 1475 متر و نوسانات آب در آن به نیم (5/. ) متر می رسد ، حد اکثر عمق این تالاب در فصل پر آبی حدود 1 ( یک ) متر است . مساحت تالاب 470 کیلومتر مربع گرچه وسعت آن متغیر و تا 719 کیلومتر مربع می رسد . بیشترین عرض آن 15 کیلومتر و طول آن تقریبا" 25 کیلومتر می باشد . منابع تامین آب تالاب رودخانه زاینده رود است که میزان آب ورود ی به تالاب بر حسب سال متغییر بوده و متاسفانه در سالهای اخیر از آب زاینده رود سهمی دریافت نمی کند وآبهای ورودی به آن ناشی از شورآبها و زهکش های زمین های مجاور رود خانه است . میزان آب دریاچه بستگی زیادی به وضعیت آب وهوای هر سال داشته و بسیار متغییر است به طوریکه در سالهای کم باران تقریبا" تمامی تالاب در فصل تابستان خشک می شود و وسعت بخش دائمی تالاب در فصل تابستان تا 120 کیلومتر مربع کاهش می یابد . اطراف تالاب را اراضی غیر مزروعی فرا گرفته است . فقط در بخش شمال غربی آن آثار زراعت مشاهد ه می شود که به علت شوری آب کشاورزان دست از زراعت براشته اند و در حال حاضر تا شعاع حدود 15 کیلومتری اطراف تالاب زمین زراعتی دیده نمی شود و نیز آبادی وجود ندارد .
بطور كلي گياهان طبيعي اين منطقه را مي‌توان به سه نوع تقسيم كرد:
الف- گياهان مقاوم بشوري كه مخصوص سريهاي برخوار- زرنديد و گرگاب مي‌باشد. شامل:cresa-soaeda-cretica salsola- salicorhia
ب- گياهان مناطق مرطوب و شور مخصوص سريهاي برخوار و ژرنديد در حالت مرطوب شامل: juncos- glabra- agropyram- cyperus- rotundus
ج- گياهان نسبتاً مقاوم به شوري مخصوص سريهاي اصفهان- رنگيده- حاجي آباد و حالت شور آنها شامل:
Glycyrhisa- glabra- alhaji- cammelarum- peganum- cynodon- chenopodium- harmala- dactylon-atriplex- tataricum- conrolrolus- arvensis