این مجموعه در مرکز پاسارگاد قرار گرفته‌است واز تعدادی کاخ تشکیل شده که در اصل در محدوده مجموعهٔ باغها قرار دارند (معروف به «چهار باغ»). بدنهٔ اصلی کاخ‌ها از سالن‌های ستون‌دار تشکیل شده‌است. تالار عمومی (کاخ S) حدوداً در سال ۵۳۹ پیش از میلاد ساخته شده. تالار ستون‌دار آن دو ردیف چهار ستونی دارد. پایهٔ ستونها از سنگ سیاه هستند (۱٫۴۳×۱٫۴۳ متر)، و بدنهٔ آن‌ها از سنگ آهکی سفید است. پایه ستون‌ها ۱٫۰۴ متر و بدنهٔ ستون‌ها ۱۲٫۰۶ متر ارتفاع دارند. سرستون‌ها از سنگ سیاه بوده‌است. شواهدی موجوداست که سرستون‌ها یک شیر مرکب، شاخ‌دار و یال‌دار، را نشان می‌داده‌است. کاخ یک سرسرا در هر طرف داشته‌است. برخی از نقوش برجستهٔ درگاه‌ها حفظ شده‌اند، که پیکر انسان و دیوها را نشان می‌دهند. کاخ مسکونی کوروش دوم (کاخ P) بین سالهای ۵۳۰ تا ۵۳۵ پیش از میلاد بنا شده‌است. سالن ستون‌دار این کاخ (۳۱٫۱×۲۲٫۱ متر) پنج ردیف ستون و در هر ردیف شش ستون دارد، و سرسرای پر ابهت آن در جنوب شرقی به ابعاد ۷۵٫۵×۹٫۳ متر است.
کاخ دروازه در حدود شرقی محوطهٔ اصلی قرار دارد و شامل یک تالار ستون‌دار با نقشهٔ چهار ضلعی و ابعاد ۲۵٫۵×۲۸٫۵ متر است. این تالار ۸ ردیف ستون دارد. این تالار دو در ورودی اصلی در محور طولی کاخ و دو در فرعی در محور عرضی کاخ دارد.
در یکی از چار چوب‌های دروازه، یک نقش برجستهٔ مشهور از یک پیکر انسان مانند که بال‌هایی دارد دیده می‌شود. این طرح که تنها نقش باقی‌مانده در کاخ دروازه‌است، مردی را نشان می‌دهد که ریش انبوه و چهار بال که رو به مرکز تالار دارد.
کوشک‌های (پاویلیون‌ها) A و B که در شرق و جنوب باغ شاهی قرار دارند، احتمالاً دو ورودی به باغ سلطنتی بوده‌اند. از این دو، کوشک B بهتر حفظ شده‌است. این کوشک با ابعاد ۱۱٫۷×۱۰٫۱ متر از یک سکوی چهارضلعی از سنگ‌های آراسته تشکیل شده‌است.