کعبهٔ زرتشت نام بنای سنگی چهارگوش و پله‌داری‌ست که فاصلهٔ آن تا کوه، ۴۶ متر است و دقیقاً روبه‌روی آرامگاه داریوش دوم قرار دارد. جنس مصالح این بنا از سنگ آهک سفید و بلندی آن با احتساب پله‌های سه‌گانه به ۱۴٫۱۲ متر می‌رسد و تنها یک در ورودی دارد که ۱٫۷۵ متر بلندی و ۸۷ سانتی‌متر پهنا دارد و دری دو لنگه‌ای و بسیار سنگین داشته‌است و جای پاشنه‌های پایینی و بالایی هر لنگه در سنگ کنده شده و به‌خوبی معلوم است.[۱۹] این درگاه به وسیلهٔ پلکانی سی پله‌ای از جنس سنگ به درون اتاقک آن راه می‌یابد. این بنا در دورهٔ هخامنشی ساخته شده و از نام آن در آن دوران اطلاعی در دست نیست ولی در دورهٔ ساسانی به آن بُن خانک گفته می‌شده[۲۰] و اصطلاح کعبهٔ زرتشت در دوران اخیر و از حدود قرن چهاردهم میلادی به این بنا اطلاق شده‌است.[۲۱]
کاربرد بنای کعبهٔ زرتشت همواره مورد مناقشهٔ باستان‌شناسان و پژوهشگران بوده‌است و دیدگاه‌ها و تفسیرهای گوناگونی دربارهٔ کاربرد آن ذکر شده‌است اما چیزی که تفسیر آن را دشوارتر هم می‌کند، وجود بنای مشابهی در پاسارگاد است که هر احتمالی را باید با شرایط آن نیز سنجید و تفسیر مشابهی برای هردو در نظر گرفت.[۲۲] برخی از باستان‌شناسان این بنا را آرامگاه دانسته‌اند[۲۳] و بعضی دیگر مانند رومن گیرشمن و اشمیت، گفته‌اند که کعبهٔ زرتشت آتشگاهی بوده‌است که آتش مقدس را در درون آن قرار می‌داده‌اند و در مواقع انجام تشریفات مذهبی از آن استفاده می‌کرده‌اند.[۲۴] گروهی دیگر از جمله هنری راولینسون و والتر هنینگ معتقدند که این بنا گنج‌خانه و محل نگهداری اسناد دینی و اوستا بوده‌است.[۲۵][۲۶] گروه اندکی هم این بنا را پرستشگاه آناهیتا می‌دانند و معتقدند که مجسمهٔ این ایزدبانو در کعبهٔ زرتشت نگهداری می‌شده‌است.[۲۷][۲۸] شاپور شهبازی معتقد است کعبهٔ زرتشت یک آرامگاه هخامشی بوده‌است که در دورهٔ ساسانی از آن به‌عنوان مکانی همانند گنج‌خانهٔ اسناد دینی استفاده کرده‌اند.[۲۹]
بر بدنهٔ شمالی، جنوبی و خاوری این برج، سه کتیبه به سه زبان پهلوی ساسانی، پهلوی اشکانی و یونانی در دورهٔ ساسانیان نوشته شده‌است.[۳۰] که یکی به شاپور اول ساسانی و دیگری به موبد کرتیر تعلق دارند و چنانکه والتر هنینگ گفته‌است، «این کتیبه‌ها مهم‌ترین سند تاریخی از دورهٔ ساسانی می‌باشند.»[۳۱] ساختمان کعبهٔ زرتشت از نظر تناسب اندازه‌ها، خطوط و زیبایی خارجی، بنای زیبایی است که از نظر اصول معماری نمی‌تواند مورد ایراد قرار گیرد