تالاب بكر گاوخوني در پست ترين ناحيه دشت اصفهان و از نظر جغرافيايي در منطقه وسيع مسطح و يكي از با ارزش ترين اكوسيستمهاي كشور در فلات مركزي ايران و در خشك ترين منطقه و با گونه هاي نادر گياهي و جانوري خاص خود ، چون گوهري در كوير مركزي ايران مي درخشد و از نظر عملي براي محققين زيست محيطي حائز اهميت فراوان است .
همچنين دو روخانه ي فصلي به جز رودخانه دائمي زاينده رود به تالاب مي ريزد ، در جنوب تالاب جرقويه و معادن نمك واقع شده است ، از بالا كه باتلاق را بنگريم مانند يك گلابي يا يك مثلث به نظر مي رسد .